Do dějin Univerzity Palackého se Merrill natrvalo zapsal na počátku devadesátých letech coby zakladatel Polish – Czech Schools Project známějšího spíše jako Merrillův program.
Funguje dodnes, byť jeho hlavní donátor se z něj před dvěma lety už stáhl. Do té doby však díky němu na americké vysoké školy, především typu colleges, vyjely při plně hrazených pobytech stovky olomouckých studentů.
„Podpora Charlese Merrilla byla zaměřena především na studenty v počátcích jejich studia a bez zahraničních zkušeností. Tento základní požadavek, pramenící z filantropické snahy pomoci slabším, doplňoval důraz na studijní výsledky uchazečů, jejich schopnosti reprezentovat vysokou školu a zemi, odkud přicházejí, charakterové vlastnosti i otevřenost novým kontaktům,“ uvedla univerzita ve vzpomínkovém textu na svému webu.
Na ní Merrilla připomíná vstupní sál ústřední univerzitní knihovny, jenž v budově barokní Zbrojnice nese od dubna 2000 jeho jméno.
„Uznání za celoživotní dílo ve výchovně-vzdělávací oblasti mu Univerzita Palackého vyjádřila i udělením čestného doktorátu v roce 1991. V roce 2005 pak obdržel Medaili ministerstva školství 1. stupně udělovanou jako nejvyšší ocenění za působení v resortu školství České republiky,“ uzavírá web.